Human Microbiome Diagnostics

This is a deep dive into the challenges and opportunities of researching the human microbiome. The discussion covers cutting-edge technologies and companies that are innovating in the field. The conversation highlights the importance of understanding the microbiome and the factors contributing to its disruptions. The experts also discuss the key challenges in the field, such as the difficulty in culturing certain microbes and the need to standardize microbiome data collection.

The conversation provides insights into some of the companies that are focusing on these challenges. For example, BioMillenia is developing microfluidics technology to isolate and culture single microorganisms. Meanwhile, Revivemed is unlocking metabolomics to identify disease, combining network-based machine learning with untargeted metabolomic data and molecular information to diagnose disease from the metabolome better.

The discussion also covers the importance of understanding the microbiome’s impact on epigenetics and how it can affect a person’s health. The experts note that early microbiome colonization in children is a topic that is still being studied. They also discuss the challenges of determining whether colonizing a single organism or a community of organisms in the microbiome is better.

Overall, this deep dive provides valuable insights into the challenges and opportunities of researching the human microbiome. The discussion covers cutting-edge technologies and companies and the importance of understanding the microbiome’s impact on human health. Potential listeners, including researchers, investors, and healthcare professionals, will gain a better understanding of the field through this conversation. By highlighting the key challenges and innovative companies in the field, the discussion offers a roadmap for those interested in advancing research in the microbiome.


Good morning, and welcome to I Select Industry overview webinar series. And I thought you were privileged to live in the form of innovation, seeing emerging problems, solutions, and macro trends at their beginning, years before they make their way into the popular culture. One such macro trend is the human microbiome. Human microbiome has many exciting potential applications in consumer health to see a diagnostic therapeutics, health management, and drug discovery. In a previous presentation, I touched on human microbiome overall as a primer. And today, we’ll touch on a little bit of that of that primary as well to bring any new viewers up to speed. We’ll be focusing slightly more on the field of discovery technologies and diagnostics in the human microbiome.

This is one piece in the burgeoning field of this subject matter, and and for this reason is a link of increasing interest to isolate.

A few process comments. We are not soliciting investment or giving investment advice in any way whatsoever. This presentation is general and is to research based on publicly unavailable information.

We’ve invited you to this because you are technologists, thought leaders, entrepreneurs, industry experts, early adopter customers or sophisticated investors, that are part of the isolate network. We value your thoughts, questions, comments, and insights into this topic, and we’d greatly appreciate it if you actively engaged during the presentation. They can advance for your attendance and active participation.

Because this is go to meeting, you may chime in whenever whenever you feel appropriate with questions or comments.

We do ask that you mute yourself in the event that you are not currently asking a question so we don’t get any feedback noise.

Finally, this presentation is being recorded and will be available for replay.

So without further ado, I am pleased to announce this week’s deep dive on human microbiome diagnostics and discovery. So just to sort of go over the agenda, we’re gonna touch a little bit on sort of what know, for anybody who’s new to this topic, what is the human microbiome?

What are the use cases for human microbiome? What’s the market opportunity look like? What are the diagnostics and discovery technologies and methodologies that are being used today to understand the microbiome?

What are the challenges state by speech technologies and methodologies?

Which startups should we be interested in the microbiome diagnostics and discovery space who’s leading in this activity and who are sort of the key opinion and thought leaders.

Looking at it right now.

If I and and in the end, we will close with sort of a preliminary thesis of where we want to go, specifically as it pertains to diagnostics So to break things down, the microbiome itself is sort of the collect is the collective, you know, genomes of the microbes that live inside and outside the human body. As many of us know, human microbiome is an incredibly diverse community of bacteria produce, archaea, fungi, and viruses that live on us and within us.

A lot of times when we’re talking about the human microbiome, we’re talking about have a human microbiome.

We’re talking about the the gut microbiome, but there’s also a skin microbiome, a general microbiome, and more like microbiomes that we’re continuing to discover today. Many of these technologies that we’re gonna cover today or methodologies are also applicable in the environmental sciences and other fields as well.

So why why should we sort of, you know, in terms of, you know, where is it relevant, human microbiome can can be key in certain in terms of nutrient uptake and uptake efficiency, can help us understand our disease susceptibility.

It could help us enhance our immune system and even impact our cognitive health.

And some of the thought frameworks are important.

And this is this is something that we’ll continue to iterate itself as we as we look more in the microbiome in general. Sort of what is in the microbiome, what, like, wanna understand who’s there. We understand what it’s doing. We understand what pieces of the microbiome are doing, what and under different con and under different conditions. How are they doing it? And then once we have all this information, how can we possibly influence the host’s health with this information.

And so a lot of what we’re gonna focus on today is on sort of three main methodologies for thinking about microbiome discovery, those being the topics of metagenomics, medics transcriptomics, and metabolomics. Which all focus on different aspects of the microbiome, and all are cumulatively important in being able to make this final conclusion how do we positively influence host health with this information?

Some of the technologies are powering.

Some of this include, you know, food additives like prebiotics and probiotics with either feed healthy healthy microbes in our gut or that introduce healthy microbes into our gut.

Sequencing technologies, there’s next generation sequencing, sixteen s, shotgun hold shotgun genome genome sequencing, and then sort of and then sort of chip technology, which is going to be for isolation of microbes or chip technologies that are are mimicking microbiome to micro scale at chip level.

So some reasons we should focus on the microbiome.

You know, it can show us we should be eating at a more personalized level. It can impact our mood and decision making of cognitive health.

These are all things that have been tied to, and these are not always necessarily definitive. On a case so they’re more on a case by case basis. They can strengthen our immune system and and reduce our reliance on antibiotics. In fact, antibiotic wouldn’t shown to have a seriously negative impact on diversity within the microbiome.

When you when you take an antibiotic oftentimes it’s not targeted towards one specific pathogen. And so oftentimes, we’re killing other types of microbes in the gut. It enables us to evolve in ways we can’t do macro scale. Which is an interesting way of thinking about how we continue to improve our health at a more rapid rate than than humans essentially can evolve.

Then it gives us insights on how to manage diagnosed and treat infectious and noninfectious diseases. So there’s certain non communicative diseases, cancer, diabetes, all I’ll touch on a list leads further later on. They may have roots in the microbiome.

And also the prevalence of infection such as c diff or or other types of microbiome sourced diseases, whether that’s inflammatory bowel disease, whether that’s Crohn’s disease that have serious ties to the microbiome, being able to not only just diagnose of being able to understand what is going on in each unique situation so that we can use precision medicine as a way to work with individuals on their specific conditions.

Some of the modulators, you know, these are just this is just a list of types of, you know, either either foods or substances they can they can sort of affect or just environmental factors that can affect the ways in which our microbiome responds, prebiotics, and probiotics, your diet in general, the the host’s immune response, antibiotics, and drugs, some of these beneficial and some of these negative.

Just sort of gives an idea when we’re looking at it from the the scope of prebiotics, to probiotics, to antibiotics, to our own immune response, to pathogenic bacteria that there’s a wide variety of organisms and environmental factors that can influence the condition of our human microbiome.

And forgive me, this is somewhat of a of a busy slide. I think important it’s important to note in terms of this context that I want to keep hammering home where we go from who is there to how can this be used to benefit post help.

A lot of what we’ve been focused on is who is there and trying to understand either using sixteen s bacterial sequencing to be able to understand what microbes based on this the sixteen F gene are in a sample.

A lot of the folks has been on that.

But this huge opportunity to understand sort of what sort of what genes are actually active within a microbiome, which genes are actually from the microbiome itself as opposed to from the host. And then in the grand scheme of things being able to understand and simulate microbiomes so that we can we can build with therapeutics and diagnostic technologies off of those.

And so we’ve gone to sort of next generation sequencing to understanding that microbiota has, you know, direct impacts on host health. And I’m excited to see more about the impacts the the developments that that come from, who is there, how up to how are they doing it so that we can begin to understand how they how they benefit host health.

And then to get sort of a market snapshot, The market size for human microbiome is expected to be, you know, approximately two to three billion by twenty twenty four.

Surprisingly, the the human microbiome diagnostics and discovery market has has been noted to be smaller in many of the market studies that I’ve read.

And I think It’s difficult to know whether these are under shot or not because I’d say that most of the finance thing so far has gone towards what you would consider therapeutics.

But a lot of these therapeutic companies that are working on on gut microbiome therapeutics are utilizing diagnostic and discovery technologies, whether that’s in metagenomics, met transcriptomics, or or metabolomics, or other fields metapodio mix, there’s a whole bunch of omics out there that are being that are being worked on. So the diagnostics market isn’t quite as large as that therapeutics market, but it is enabling this type of discovery and diagnostics technology is enabling to creating these therapies that are meaningful.

And then some of the use cases that are most Inside right, market size representation of the inability of the aspirations of microbiome?

Is the  the microbiomes or cancer the market opportunity would be huge. I don’t know what it would be, but whatever. Big big number.

I think it’s I think it’s un I think it’s unknown.

Some of their applications Random. Yeah.

So I mean, there’s there’s like model on market sizing that really talks about optionality in the different markets in terms of people aspiration.

These are these are mostly publicly available market reports that are giving you a read.

And so what I’m what I’m talking about was what what those reports saying, and then what where the opportunity lies. I think there’s just a lot of unknown opportunity. And when we talk about cancer, there’s a lot of studies that are they’re talking about the microbiome’s interaction with colorectal cancer and whether or not there are aspects of certain microbes that are present that either cause or regulate whether or not colorectal cancer becomes prevalent.

And so that’s not something that we have a full understanding of. But it it becomes it seems becoming clearer and clearer that any time in which the microbiome is so intimately engaged in a wide variety of factors in our body and are into use that.

This is I I don’t I don’t think these numbers necessarily speak to the market opportunity. Yep. Correct.

Anyway, there’s consumer applications, treatment of inflammation, improving diet and nutrition, and there’s sort of drug and antibiotic development.

Some of the opportunities here.

So from here up until sort of the  we’ll look at sort of deals and start ups later.

At this at this first juncture, we’re gonna talk about discovery and segment discovery, like I mentioned, from metagenomics to metatranscriptomics to metabolomics.

So here’s one way we can sort of think preliminarily about discovery.

In a sense that that we’re using sequencing and metagenomic techniques to gather information about all of the gen the genetic material that’s in what you would consider a my a a representative microbiome sample. So, yeah, this microbiome sample you collect all of the genetic information that’s in it, and you have this database of the genetic information that’s available in that microbiome.

And then you have sort of a who’s there, which is more of specifically classifying which types of organisms and which species of organisms are exactly present.

So when we think about, like, research initiatives, researchers like like the human microbiome project, looking to build these big reference databases of microbiome organisms.

They’re using that pathway to build out those databases. And then you have these sequencing techniques that give you a read on the genetic material that’s in the collective microbiome that could then be referenced back against a reference.

So if you don’t if you have your microbiome sequence in in your body, what information do you get? Does it tell you this is obviously, these are the components of your microbiome, but it doesn’t tell you, you have a history of eating this type of material. You have a risk of this type of disease. It’s mostly risk factors. So when we talk about some some my understanding thus far has been that when you’re looking at genomic view of things, you’re looking at the collective genetic makeup. And so what that means is it can give you risk factors about what you might what you decisions you may have made, environmental conditions you may be exposed to.

Or certain risk conditions you might have for potential disease.

Based on based on your genetic material and the proteins that could then be sequenced from that could be produced from your from your DNA. So does this require sequencing of the individuals just DNA itself to to get to that analysis, so you have to sequence the individual and the microbiome.

I’m not sure how they how they cross between those two those two data types. I mean, generally speaking, when they’re looking at your when they’re looking at your microbiome, they’re actually looking to get it without contamination of the host biome. Yeah. So, like like, the host genome. So, like, they like, one of the issues with metagenomics is a study.

Is that a lot of times when you’re taking samples, you can get contamination from host genetic material as opposed to purely microbial genetic material. Mhmm. So this is one framework.

It’s a good framework to keep in mind as we continue to think about the microbiome and learn more about it. So what are the  in terms of sequencing the  so you have  my understanding is there are billions of microbiota  Yep.

 or in your gut and on your body  Yeah.  or else. Right?

But when you really get down to actual individual species, etcetera, that it shrinks down to a number that’s mean, closer to a thousand.

Do you have, like, number you’re talking about number of organisms to number of species you need?


So you you billions of organisms like a thousand unique species, right?

What is that? Yeah. And does it just tell you this much here? Or just see if the billions are any organisms.

No. No. No. It’s not.

It’s billions of organisms, but I don’t have a thousand.

I’m at I think in terms of, like, what the I’m sure there’s there’s more dominant speech species that are more present than others. But I I don’t know the exact number if it’s thousands or millions or I know there’s, you know, billions of microorganisms, but, yeah, I don’t know the exact number of species.

I guess, but where are our tenant ultimately?

Are they able to sequence the whole thing cost effectively?

Or how do they how do they narrow it down so that you’re there, you know, to what they are sequencing? Because it seems like sequencing effect, even a thousand different organisms  Right.

 would be even in today’s we’re on a fairly large undertaking.

Isn’t that isn’t that one of the sort of the advent of, like, high throughput sequencing?

And that it’s You can run all these samples at once, and then you could collect you you could effectively have millions and millions of samples that are I mean, one of these things we saw about gulp, right? But they even there, what they were trying to do was do the isolation  Yeah.  right, so that you could push, you know, or you could take in large samples and get them isolated so that you could then solve this equation.


In greater detail.

I don’t so I’m I guess I’m still trying to figure out I don’t understand how this all works  Yeah.


Yeah. But like I mean, if I go to you biome or I go to, you know, biome or carbiotics or any of the rest of these guys who are telling me they’re gonna sequence my microbiome, what do they actually doing?

Are they really sequencing the whole microbiome?

Are they taking some sort of snapshot?

Are they we have any Do they have a set of, like, things are looking for, they know to look for, and if it’s not I mean, there’s an unknown area? I’d like to answer that question more confidently, but it when they talk about sequence like, from most of, like, the like the literature that I’ve read, like, when they talk about sequencing, they’re just they’re talking about capturing And I know it’s just it’s just still, like, a broad kind of vague. They’re talking about capturing the collective genome, like the like the collective genetic information that is in the microbiome across the species that are there and then in the quantities that it would be in there.

So like the relative, like, makeup. It’s it’s looking it’s looking at, like, genetic, like, potential of your microbiome.

It’s not actually talking about, like, what not as I’m talking about, what is actually being transcribed or any of the upstream metabolites.

It’s just talking about, like, risk factors and and and then referencing what you have against some sort of reference some sort of reference database.

That’s that’s my understanding of it.

But I I agree we could probably get deeper on that.

Is there anybody on the call who has a better, clearer understanding of this.

Yeah. I think so this is Arvin here. I I think the the easiest way to think about it is you they actually give you a snap shot.

So in answer to that question, if you go to these different companies and you ask and they say your sequence of microbiome, What they’re essentially doing is they’re just giving you a snapshot of something that’s relevant to a certain disease based on what’s known. So for example, if you have cancer, there are certain bacteria and there are known to be associated with inflammation.


And so, essentially, they’re just going to sequence your microbiome and look for signatures from those bacteria that they already know about. They’re not gonna sequence the entire thing So they’re looking literally for specific things in the microbiome.

So it’s it’s got a very selective snapshot, and it’s just yes or no. Is it there? Is it not there?

So, yeah, they they’re not sequencing the entire thing. It’s kinda it’s kinda like what they did with the human genome. So back in two thousand, they said we’ve sequenced the whole genome but that was not true whatsoever.

I mean, they just sequenced patches of the human genome.

They left out so much more.

That’s essentially what they’re doing out here.

There’s there’s like a huge thing that they need to sequence. They can’t do it all.

They’ll just do representative sampling, and they’ll see if something is there or not there because they know about it.

That’s basically it. It’s just what they know. If there’s something that they don’t know, it’s just sort of dark matter. That’s that’s it’s weird to understand it.

Thank you.

So they’re looking for that sixteen SR DNA and if they find it, they know that they’ve got something then.

Yeah. So the sixteen s RNA is actually it’s just like a it’s kinda like a marker. It tells you it helps you identify.

So the academics who work on this have worked out a sort of a tree, you know, a sort of species tree based on the sixteen s sequences, and so it’s it’s a good sort of pointer to what’s there.

But it’s not absolute. And it’s, again, it’s like, what are you looking for?

You can’t just simply sequence the entire thing and say, oh, I found so many different things.

You actually have to look for something specific, that’s the best way to manage it.

Mhmm. Got it. Thank you very much. Thank you. That makes sense.

I guess just to summarize the slide, a couple of companies are sort of working more or metagenomics or ID by DNA, cosmis ID, or some companies we should reach out to, it comes ID by being a little bit older, but ID by DNA is a cool company.

And sort of, you know this combination of sort of sixteen s already mean shotgun sequencing, next generation sequencing, and microarrays, which are combination technology you can use in this field. The strength that you give it gives you good indications to genomic makeup of the microbiome community.

But some of the challenges are that these gene sequences may come from host cells or from active or dormant or dead microbiota, essentially give you a sense of what’s active all the time.

And, you know, the reference gene the reference databases continue to improve And so to to to jump into the next sort of sub sub segment here, we’re talking a little bit about metatranscriptomics, which is the study of the function and the activity of the expressed genes within the collective genome other bacteria population. And some of so this is some of what I read indicated that this is really an exciting field in comparison to about metagenomics is really getting an understanding of what genes are actually expressing.

Was in a microbiome.

And so, again, sort of point some of these strengths, you know, shows which genes are expressed.

It’s good for expressing microbial activity. There’s some technical challenges. It can be really difficult to isolate RNA from mRNA.

Which is the focus of some of these transfer stomach studies.

It can be difficult in the same way that metagenomics can be readable to differentiating between host and and microbial RNA.

MRNA itself is notoriously unstable, which can can compromise sample integrity.

And then the presence at MRI is not always synonymous to the presence of protein or protein activity, if you want to jump into another sort of area subject matter.

That’d be sort of proteomics in the study of proteins that are present within present within a within a biome.

Fraud and purpose of we’re not focusing on proteomics today.

That’s another area in which you can sort of dive into specifics that come out of come out of tran metatranscriptomics or metatranscriptomics.

And this has been a couple of companies I highlighted here.

ReedCore is spatial sequencing platform that is essentially designed to deliver next generation omics. They’re particularly focused on transcriptomics.

And they they utilize fluorescent in c in c two sequencing for for high throughput sequencing and in transcriptomex they’re interesting companies working in this space. And then CPO Bioscience is working on single cell analysis and sample preparation. For transcriptomic specifically.

Does the transcriptomic process just separate RNA from mRNA to doesn’t sequence at all. It’s just a separation and identification process.

No. It does.

It you have to sequence the RNA. You separate the RNA, then you actually have to sequence that RNA.


Are you gonna talk at some point in time how they’re trying to what they’re doing, if anything, to try to correlate the presence or lack thereof of certain microbiota with certain disease states. I’m gonna talk about disease states that are correlated with, but not, like, necessarily, like, the I there’s there’s companies that I’ve found that are working in sort of in that computational capacity of connecting microbiome or other acid of microbiome with disease states, but I don’t talk specifically about, like, the like, that correlation. So And then the third field and this is is fairly interesting. So metabolomics is sort of the large large scale study of small molecules, commonly known as metabolites.

These are small molecules that in their interactions with biological system are known as the metabolome.

And so any of these cell biopids, any types of compounds that are being produced by the microbiome and there are subsequent interactions within the microbiome are sort of this subject matter of metabolomics.

And he uses fundamentally different course technology, mass spectrometry, chromatography, and nuclear magnetic resonance.

And these are really these technologies are really their purpose is is to produce spectra that consist of of patterns peaks that allow for the identification and quantification of these metabolites. And so as opposed to looking at genetic, material, and genetic markers.

These are ways of quantifying these metabolites within a microbiome.

And so you need this in in in the same way that, you know, some of what I’ve read sort of indicate that they some some groups think metabolomics as a whole is more important, but in the same way it is reliant upon some of these other OMEX technologies and these other OMEX databases in the order to be able to determine risk factors, whether it’s from genomic or transcriptomics information.

And so where would top local stimuli help us, help us understand the relationship between information in the microbiome and the environmental factors, because the metabolome can be very environmentalistensitives.

And so It can give us an idea about a person that we know sort of the quantity of certain types of metabolites that are present in their microbiome.

And we can connect that to genetic information we have about them as well as environmental information we have about them.

It kinda becomes this sort of piece where we kind of paint the full picture I think there’s a certain extent to which we don’t always have we don’t necessarily have all information yet.

But this is sort of the the goal in the grand scheme of things.

Some of the the challenges of metabolomics is determining whether or not metabolite was sourced from the microbiome or the host.

Something that we consumed or was something that was produced by the microbiome itself. And then sort of while metabolomas can be, you know, the most informative about overall health, determining which gene enzymes and pathways are the cause and have, like, presence requires data from dendrolimic studies.

So when we think about companies like metabolone, who’s probably the metabolone and tenorome are probably the most well funded in the metabolomics space.

Or in the in the microbiome full omics platform space.

You know, they’re incorporating all these different technologies in order to be able to understand the upstream or you can use downstream metabolite presence.

And then So just to cover a review that we talked a little bit about here about understanding the genome as a whole and sequencing portions of the genome of the microbiome sequencing portions of the transcriptome of microbiome for specific purposes. And then eventually, so this goal must have elonix and being able to understand why the microbiome is producing certain types of metabolites more than others, how those impact disease, and then how some of those impact how those are impacted by genomic and transcriptomic factors. And then when we sort of to jump sort of more into diagnostics, some of the diseases that have had links with human microbiome, irritable bowel syndrome, colorectal cancer, colon polyps, acne, even autism has been linked to conditions within the human microbiome, certain auto immune diseases Type two diabetes strongly correlated with insulin insulin metabolism in the microbiome, and then more infectious diseases and pathogens like like c diff.

So we’re looking for, you know, it’s not just diagnosis about understanding upstream metabolites that may be the cause for specific condition. And the microbes and the strains of microbes that are producing them, specifically gut microbes that impact therapeutic choices. So I mentioned this colorectal cancer, study that I read earlier.

You know, certain microbes have been linked to progression of colorectal cancer, and they may have there may be a novel diagnostic and therapeutic angle of prevention and management if we were to understand that microbial’s that microbes relationship with that disease and the host itself.

And then sort of understanding the level of dysbiosis in association with infectious disease and the co occurrence of other pathogens. So sort of more of this sort of systems biology approach of thinking about when the microbiome gets disrupted, if then you had a a a seed that becomes more prevalent as a as a disease in the body, what are the other patches and pathogens that are co occurring alongside it?

I mean, what’s causing a disruption in the microbiome.

Are some of these thought frameworks.

These are some of the conditions that are associated, and these are some of the ways in which we’re looking at some of these diseases.

So going forward, some key challenges, not just in diagnostics and discovery, some of one is, it continues to be there. And the reason that we have these sort of meta, I’d say, meta studies, is that we do have we do struggle to culture certain specific microbes and another other organisms within the microbiome.

And so growing into challenge, we’ve talked about this in the past. We talked about some of the companies that are focusing on that.

One is general general automation lab technologies.

That I came across is BioMillenia, who who will reach out to me.

They may they may be a little bit my surface is still operating. But they are they there’s something to be learned from them.

In terms of microbial isolation.

Standardizing microbiome, you know, some of this is it’s just it’s just data collection and and trying to understand what constitutes a healthy microbiome across a wide variety of people.

And then these research frameworks for multiomics how can we bring together these methodologies and datasets from various microbiome studies to create meaningful and precise determinations.

Of the human microbiome. Let’s do some of the challenges.

During the targeting that we should be checking out, like, I suppose to before we transition.

I’m gonna see here. I’ll I’ll focus a little bit on some of the companies that I think that we should reach out to as a firm. They’re sort of in our stage and sort of relevant into the space.

And then also on some of the the leaders in financing, as well as some of the thought leaders in leading institutions. So here’s sort of a list of companies that, you know, I think I think we should reach out to to highlight a few.

I think ID by DNA is really interesting. So they’re they’re developing a a metagenomics, microbogenetics, and data analytics platform for infectious disease diagnosis.

Based on the microbiome.

I think a couple of other ones include Revivemed.

Revivemed is the developer of a precision medicine platform that basically is unlocking metabolomics as a way of identifying disease. And so they combine network based machine learning with sort of untargeted metabolomic data and other molecular information to to be able to better diagnose disease from the metabolome and then use some of that information in drug discovery.

And then bio millennia who’s focusing more on the isolation and culturing of single microorganisms using microfluidics technology and and a rapid rate. I think it’s it’s another company we should look at.

But I think, generally speaking, these are all companies that are that are interest, and they’re sort of in the ballpark of us from either early stage to slightly to slightly later stage. One thing one thing that I noted here as well is that in terms of who’s getting involved in these some of these deals, I didn’t see a ton of common threads throughout.

There’s not one besides maybe it’s to venture, there’s not sort of one VC who’s really getting planted in each of these, or that they’re all coming out of.

Who is the canary in the coal mine?

Or how do we find them? Or do we who is the name of the guy who invented realized each pilot or I was bad. I don’t know.

Tyler Taylor, John Taylor.

Where are the outposts be like?

Like for like for research?

For the person that’s going to see it first. These are all people chattering over the people heading.

I mean, we just go back to immunotherapy which was first discovered in ‘eighteen ninety and nobody did anything with it.

Yes. Greg. I’m trying to think about your question.

I don’t think you’ll have an answer for this question.

What  I mean, I feel like we need to get closer to Jeff Gordon’s lab in some way, shape, or form.

And hopefully, we’re in a cluster of Bruce’s lab here in an incredibly distant future.

Still trying to get a call scheduled for the end of June, early July.


You know, we ought to be in constant contact with the guys that Chicago.


I mean, there was one one time we’ve looked at a couple of deals out of there.

But how about overseas?

I France France is a country that I’ve noticed a lot of interesting microbiome companies have come out of.

They’ve probably been the most prevalent of the European countries.

I would say there’s a venture space there.

Could be  I don’t know if it’s causation or just correlation, but they a lot of there’s been a lot of companies that have come out of frame.

What’s  is our angle and run our hardware to Stanford?

Who else are the big microbiome research institutions?

So the ones I’ve got here, UMath, Uchicago, UCSD.

Baylor has a microbiome research institute that’s focused primarily on infants and and women.

So they’re, like, more specific.

But umass U Chicago, UCSD, all have dedicated microbiome, research institutes harbor in Stanford too as well.

I said I I have a list that I saved sort of all of the academic institutions that have microbiastolic research focuses.

But these are just four that jumped out at me through two things I read about their programs. Gary Gary Roku.

Is the the head honcho at Harvard, who’s real into microbiome. He was he’s part of in biome. He was part of in biome? Yeah.

We talked to we talked to them recently. Did they ever get around?

So home wouldn’t radio silent on me.

I’ll I’ll reach out again.

Wonder if they’re stealth or if they didn’t get funded. Mhmm. You mentioned the University of Chicago. Yep.

Got it there.

Yeah. So umass had developed David Center for microbiome Research.

U versus Chicago has the microbiome the microbiome Innovation Center or the Center for microbiome Innovation.

That’s right. No.

Uchicago has has the microbiome center, which is a a collaborative effort with the Argon National Laboratory UCC San Diego has the center for microbiome innovation, and then the Texas Children’s microbiome centers at at Baylor.

Where they’re focused more on early stage microbiome diagnostic and therapeutic. I think that’s that’s a pretty interesting area.

So in Chicago, we’ve got the guy who’s the with that Pentris groupings to be especially with Montanzo that spun out and was run by Ted.


The night at those guys used to be anointed who’s up now as the principal in the u chicago biome effort, which is tracking down.

Okay. Drag them in this morning that we may have lost that. Dan knew who it was.

I can’t remember her last name.

We wanna reach out.

I mean, somebody like Fred probably I mean, from from TLTL wouldn’t shock me if he’s, you know, connected into this world in some way, shape, or form.

We don’t wanna lose I’ve put round was gulp’s round. Was that a there was an a with a Well, it was supposed to be a ten million dollars A, but pitch book had about a five point three.

So I’m not sure what happened to them. On that.

We’re gonna reach back out and make sure that wasn’t a stage close, and there’s not a second stage, Jordan.

There have been a couple of deals I shot you guys out of for that Baru can done.

And then we need to reach out to TeslaGen.

Okay. He was supposed to come to Davos and what are they doing?

Didn’t I don’t know what’s on top of my head.

But, you know, groups that seem to pop up that are trying to do things that are that are doing things that I think are interesting.

Brooke’s doing it. Alexandria’s doing it.

You know, there are two that’s more cedar oriented investors that are  Oh.

 I assume maybe  Yeah.  to think our future is, you know, very future oriented. There you go. You got them up there.

Yeah. So thanks. Yeah.

What a little diversion. Maybe you don’t know.

What needs to be true about our understanding of the biome to add a zero to the market for us?

What hasn’t been discovered that needs to be discovered that increases that optionality? It’s good correlation, isn’t it?

I mean, I think it’s being able to be deterministic.

And the other thing I think and part of that that Bruce has said multiple times is that what they still can’t prove is, you know, should you be colonizing a single organism, or should you be colonizing a community of organisms?

And, you know, I think the failures at phase three, my understanding is that they’ve gone down single organism routes.

And not understanding the implications for this ecosystem that is the biome itself, and, you know, what overpopulation of one or another does to it and that, you know, there’s still a lot of things going on trying to figure out how do you manipulate the entire biome, which, you know, you apparently can do relatively quickly. Not like you can’t change the characteristics of the biome, but you get it.

The change in right way. Yeah.

I think that though as that understanding evolves and we start being able more typically correlate, there’s ancillary impact on other markets that we invest in that this is going to drive  it’s going to drive consumer demand for certain things too.

Like in the ag markets, higher fiber diet, more local pressure food so that you’re consuming more of the biome in the food.

Not doing this joint.

I mean, I think those are all gonna be trends that get impacted significantly by this understanding of all of them to Oh, and I and I think Bonumou Most and SURELogics are both Yeah.

There’ll be some plays in there where regardless, you’re gonna be looking for more prebiotics to help stimulate the microbiome and both of them.

I mean, I think one thing we do understand for sure is diversity is good in the microbiome and that the more you can introduce more bacteria into the microbiome.

That’s probably good. I think there’s gonna be a consumer push towards  Yeah.

 fit on the number of probiotic products.

There’s probably shelves right now.

But it seems like if the if you pay more deterministic, what’s the pathway to more deterministic? I just it’s it’s it feels like there’s so So you said you said that in the very start, you said that the microbiome helps us evolve faster.

Okay? Which does that mean then that the microbiome affects epigenetics in a person.

I don’t know. And then that would imply that too, it probably is true based on what you said. That would imply that each person microbiome and the way it is constructed would be unique to that person’s genetic makeup. To?


I think that the I think early microbiome colonization in children is something that is still to be understood. I I don’t know if that is fully understood, but what fully sets why you’re why you call it in a certain way.

But I think that’s a that sounds like a logical way of thinking about it. And when I think about, like, the way in which the microbiome evolves, I think about it. It’s kind of like a framework.

I mean, it’s you just think about the number of turnover of of of organisms and generations that can occur in your lifetime, in your microbiome.

It’s just the pace is just more rapid.

So I think my evolution is more from that transact that aspect, but I just don’t know from the how it how it’s passed down necessarily.

So and and there have been a couple of, you know, fairly big bets so far on trying to build datasets around the microbiome. Ubiome is one of them, biomes another.

And I I just don’t know how far along they are and truly getting their data set and being able to be prescriptive with them. We looked at that one company that was taken was trying to do personalized nutrition off of at carobiotics, and now it was before carobiotics.

There was a the vital gene. Yeah. And the most everybody on the selection committee basically said the science is still here. Yeah. I mean, so I So who is the Genitex in this industry?

And I mean that from a context that when Genitex came together, It was pretty sketchy. And they saw something a lot of other people didn’t see.

How it got funded is only different because anything it was a little bit time with Todd. So it was hot and they worked. So when Genesec first came together, same sketchy, but they were able to earn a lot of money, and then they were able to make up those sketchy things that they were doing. But it is terms of analogies in terms of investing in terms of what it could really do. And we’re we’re we’re back in the territory of sort of two years before three years before China Text emerge publicly.

So I’m really intrigued about our filter just sort of trying to understand that for El Paso around the twenty companies that sort of look a little bit like that  Yes.  and and which ones have the team to matter.

I mean, it strikes me that more deterministic is important, whatever that means, but it’s important.

And our ability to arbitrage over on the ag side where we’re sort of free from human health issues and might be able to go through more rapid iterations to make it more deterministic. Feel like it could you know, those more deterministic and in ag as a test bed, feels like the petri dish that sort of lets us take one hundred things that sort of look like Genentech can get it down to twenty.

Genentech from a business model standpoint. Johnny back from a, hey, we’re gonna go we’re gonna introduce a commercial model on something that everyone’s pretty not quite sure even what it is yet.

When they went out and did the microbiome and for aboriginal peoples.

And they’re identifying so much more diversity in their microbiome how do they do you know how they went about doing that?

Did they use the same sixteen as sequencing, or were they going and sequencing the whole thing to discover?

The new stuff that was unknown to them that they would find in there.

Do you do you have any depth on the that research that was done? No. No. I don’t know. Actually, don’t think about the study. I mean, the sick sixteen s would have been to identify specific organs.

So it’s not and they they the result was that there was a lot more diversity and those populations than our Quite on the pipe based on their diet.

I mean, I think there’s a lot correlated with what you eat and how you’re I think that was definitely one of the conclusions of the research for sure.

I mean, I don’t know if I’m lost in the analogy, sir.

But my even when we go in sequence to genome with one particular one particular group, it feels like we’re measuring the differences between the triveonamine the drum to the the the flus in a orchestra.

So you’re saying your your flute is different than your flute. And we’re not even sure who the conductor is in the system as yet.

And and to some degree, it feels like The part that I don’t fully comprehend is it feels like the system adapts automatically.

So that if It’s almost a  it’s almost  how much is absorbed in a sense It’s not enough of this bacteria, and we’ll take more from other bacteria to balance out the system. So I don’t I don’t even get a sense of what’s conducting the orchestration of that, which back gets back to deterministic. I mean, is anybody building any kind of model that approximates terminate that’s okay.

But it’s like one percent predictive, but on the right path. What what was the micro you know microbiome on a chip?

Picture back  Early.

 that  I think that was an old that was my last presentation. I think I have it in this one.

Aren’t you Craig  Right.  my other my other presentation. If it’s up there, got on a shot, there you go.


Is that an actual company, or is that just see a credible research or what I think there’s both companies in in research working on gut ownership.

I have my last presentation. I think I have a company that was working on it.

They’re they’re basically looking to simulate, like, the gut on a micro tiny team level so that you could then test on it.

So it has to do element testing, like, one d element test.


So you can measure a component of it.

Have we supposed Tony to any of those kind of stuff? Tethr? Yeah.


It was as we’re sort of pushing into the hour, I’ll jump to just sort of general thoughts and pieces that I came out of this with.

It was really sort of mostly focused on these three methodologies.

You know, I think, metagenome technology is fine to invest in but I I would I would be skeptical if it makes, you know, determining us to claims based on pure meta genomics. It’s just that it doesn’t it’s not that’s not what the core of that technology is. I think when we think about companies like Vitagene and others who we saw were making terminations on people’s, you know, health, they walk a thin line, just skeptical of being able to determine things about someone’s health and their risk without a full a fully a full omics approach. Using these multi omic technologies.

Medatranscript omic technology seemed like it was most of the literature really positive on it in in contrast with metagenomics.

It sounds like my understanding of it is that, you know, uses a lot of the same technologies, but it’s more deterministic of which genes are active. In a microbiome.

And then I I mean, I I think metabolomics is is really interesting and meaningful if it has data based in other OMEX technologies that can back up where the risk factors come from in terms of why you’re seeing certain concentrations of certain types of metabolites.

I wouldn’t invest in any type of you know, I touched a little bit on the Lutris side.

One, I I wouldn’t invest in something that was purely competitive on cost. I think one thing that we’re finding is that, you know, I think we like the TL investment partially because they’re competitive on cost. So that allows them for market entry and then to add value in a way that allows them to identify microbial strains. And so they add value in a different way. But I think that in the grand scheme of things, it seems like when it comes to foam mix technology, it comes to sequencing.

It seems like all of these price are dropping really rapidly. So I would I would avoid anything that seems like it’s just a cost drop without understanding where it might bad value elsewhere.

And I think these are sort of poor companies. I thought were interesting, Revivemed from the metabolomics standpoint.

Biomolemia from the culturing and isolation standpoint, and then reed core and CPO bioscience both innovating in meta trans in in transcriptomics and meta transcriptomics technologies.

Thought we’re an interesting company.

So But otherwise, that’s it.

We’ve got an attendance left here. I’d love to open up the opportunity for comments or questions from the from the audience, particularly those who have who have more domain expertise than I to to hear any feedback or other questions that we should dig deeper into.

But if there are no comments from the audience at this time and no further questions, I’d like to thank everyone for for joining us today.

It’s always really interesting and and and does it it’s always an interesting exercise getting to put these together and and to get into one these topics and and really appreciate hearing both the team’s feedback and the audience’s feedback. So if you have anything that you think that we can improve on, or things you’d like to hear more about or topics that you find interesting, please let us know. Otherwise, we host these webinars every Wednesday at nine AM central time. We look forward to seeing you next week. Thanks, everyone.

Our analyst team reviews an emerging trend with interested listeners — alternating between Healthcare and Agriculture — outlining macro-trends, industry sub-sectors, key influencers, market leaders, and potential investment opportunities. Register here.